Az oktatási szakállamtitkárról a Magyar Nemzet azt írta, hogy együttműködött a kádári titkosszolgálattal. Állítólag Bajkai fedőnéven 1977-től főleg a nyugat-németországi magyar emigráció tagjairól jelentett. A Magyar Nemzet szerint dossziéját 1998-ban 65 évre titkosították, ám öt évvel később e minősítés megszűnt, így jelenlegi, szakállamtitkári posztjának betöltése előtt az oktatási minisztérium is tudhatott ügynökmúltjáról.

Manherz Károly tagadja, hogy ügynök lett volna, az újság megkeresésére azt mondta: nem működött együtt az állambiztonsági szolgálatokkal, és nem tud arról, hogy dossziét vezettek volna róla.